Вы даете не правильные нагрузки. Мышцы тренировать надо, но правильно. Нужен специалист, надо проводить мышечное тестирование и подбирать упражнения. Важна последовательность (нельзя укреплять шею или поясницу, если не укреплены мышцы таза - начинать надо с них), важно как работают мышцы, где есть укорочения, триггерные точки, фиброз и т.д. - с ними надо разбираться - уравновешивать мышцы по силе и длине и т.д., очень много разных ньюансов, если не учитывать эти ньюансы, то ожидать от занятий большого эффекта не надо, а во многих случаях может быть и обратный эффект (в виде обострений). ЛФК в том виде, в котором оно существует этих задач не решает.
Через боль заниматься не надо. Лучше оставить занятия, пока не найдете нормального специалиста. Сейчас просто ходите, гуляйте.
Бег - это тест, при котором проявляются "слабые звенья". Пока не восстановлен мышечный баланс, бегать не надо. Бывает так, что вроде восстановил все более-менее, самочувствие отличное, побежал - где-нибудь заболело - тест "выявил" "слабое звено" - "ремонтируешь", тестируешь и т.д. до тех пор, пока не начнешь бегать правильно и без дискомфорта. Но если мышцы не восстановлены - бегать вредно. Надо сбалансировать мышцы, включить их в работу и научить выполнять те функции для которых они предназначены. После этого можно бегать, прыгать, таскать тяжести и т.д., все будет на пользу, если баланс нарушен и мышцы работают не правильно - любое движение будет во вред (как на машине если не сделать развал-схождение, она будет "сыпаться"). Но двигаться все равно надо, хотя бы ходить.
Сказать точно с чем связаны у Вас боли по интернету не возможно. Надо "трогать", смотреть и т.д. Скорее всего боли мышечного характера. Самый лучший совет - это найти нормального специалиста, это не просто, но возможно.
